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台湾の清朝統治時代は、清朝が鄭氏政権を滅ぼした1683年から、日清戦争の敗戦に伴い清朝が台湾を日本に割譲した1895年（明治28年）4月17日までの約212年間を指す。
建国以来反清勢力の撲滅を目指して来た清朝は、「反清復明」を掲げる台湾の鄭氏政権に対しても攻撃を行い、1683年に台湾を制圧して鄭氏政権を滅ぼすことに成功した。だが、清朝は鄭氏政権を滅ぼす為に台湾島を攻撃・制圧したのであり、当初は台湾島を領有する事に消極的であった。しかしながら、朝廷内での協議によって、最終的には軍事上の観点から領有することを決定し、台湾に１府（台湾）３県（台南、高雄、嘉義）を設置した上で福建省の統治下に編入した。ただし清朝は、台湾を「化外の地」としてさほど重要視していなかった為に統治には永らく消極的であり続け、特に台湾原住民については「化外の民」として放置し続けてきた。その結果、台湾本島における清朝の統治範囲は島内全域におよぶことはなかった。なお、現在、中華民国政府と中華人民共和国は、清朝が台湾のみでなく釣魚島（尖閣諸島）にも主権が及んでいたと主張している。
清朝編入後、台湾へは対岸に位置する中国大陸の福建省、広東省から相次いで多くの漢民族が移住し、開発地を拡大していった。その為に、現在の台湾に居住する本省系漢民族の言語文化は、これらの地方のそれと大変似通ったものとなっている。漢民族の大量移住に伴い、台南付近から始まった台湾島の開発のフロンティア前線は約2世紀をかけて徐々に北上し、19世紀に入ると台北付近が本格的に開発されるまでになった。この間、台湾は主に農業と中国大陸との貿易によって発展していったが、清朝の統治力が弱い台湾への移民には気性の荒い海賊や食いはぐれた貧窮民が多く、更にはマラリア、デング熱などの熱帯病や原住民との葛藤、台風などの水害が激しかった為、台湾では内乱が相次いだ。なお、清朝は台湾に自国民が定住することを抑制するために女性の渡航を禁止したために、台湾には漢民族の女性が少なかった。そのために漢民族と平地に住む原住民との混血が急速に進み、現在の「台湾人」と呼ばれる漢民族のサブグループが形成された。また、原住民の側にも平埔族（へいほぞく）と呼ばれる漢民族に文化的に同化する民族群が生じるようになった。
19世紀半ばにヨーロッパ列強諸国の勢力が中国にまで進出してくると、台湾にもその影響が及ぶようになった。即ち、1858年にアロー戦争に敗れた清が天津条約を締結したことにより、台湾でも台南・安平（アンピン）港や基隆港が欧州列強に開港されることとなった。また、1874年には日本による台湾出兵（牡丹社事件）が行なわれ、1884〜85年の清仏戦争の際にはフランスの艦隊が台湾北部への攻略を謀った。これに伴い、清朝は日本や欧州列強の進出に対する国防上の観点から台湾の重要性を認識するようになり、台湾の防衛強化の為に知事に当たる巡撫(じゅんぶ)職を派遣した上で、1885年に台湾を福建省から分離して台湾省を新設した。台湾省設置後の清朝は、それまでの消極的な台湾統治を改めて本格的な統治を実施するようになり、例えば1887年に基隆―台北間に鉄道を敷設するなど近代化政策を各地で採り始めた。だが、1894年に清朝が日本と戦った日清戦争に敗北した為、翌1895年に締結された下関条約（馬關條約）に基づいて台湾は清朝から日本に割譲され、それに伴い台湾省は設置から約10年という短期間で廃止された。これ以降、台湾は日本の領土として台湾総督府の統治下に置かれる事となる。
