消毒（disinfection, しょうどく）とは、広義では人体に有害な物質を除去または無害化することである。広義の消毒には有害化学物質の中和（無毒化）なども含まれる。
狭義では病原微生物を殺すこと（殺菌など）、または病原微生物の能力を減退させ病原性をなくすことである。すべての微生物を殺すことではないので注意が必要である。消毒に使われる化学物質を消毒薬と呼ぶ。
目次
1 定義の注意点
2 消毒剤
2.1 効力の検定法
2.2 種類
2.2.1 重金属化学物質
2.2.2 アルコール類
2.2.3 アルデヒド類
2.2.4 フェノール類
2.2.5 ビグアナイド類
2.2.6 界面活性剤
2.2.7 塩素化合物
2.2.8 ヨウ素類
2.2.9 過酸化物
2.2.10 酸
2.2.11 アルカリ
2.2.12 色素類
3 消毒法の実際
4 関連項目
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定義の注意点
滅菌(sterilization):病原性の有無を問わずすべての菌（細菌だけでなく、ウィルスやプリオンを含めたすべての生命体）を死滅させるか、除去することである（従って滅菌は器具に対して行うものであり、人体或いは患畜に対して行うことは出来ない）。病原性をなくすのを目的とした消毒とは異なる。
殺菌(bacteriocision):菌を殺すことである。消毒の手段として殺菌が行われることがあるが、殺菌はせずに病原性をなくすことによって消毒が達成される場合もあるので、意味合いが異なる。
効力の検定法
石炭酸係数(phenol coefficient)
アルコール類
エタノール（エチルアルコール）
イソプロパノール（イソプロピルアルコール）
メタノール（メチルアルコール）
アルデヒド類
ホルムアルデヒド
グルタルアルデヒド(商品名:サイデックス・ステリハイドなど）
オルトフタルアルデヒド（商品名:ディスオーパ）
フェノール類
フェノール（石炭酸）
クレゾール石鹸液
ヘキサクロロフェン
ビグアナイド類
グルコン酸クロルヘキシジン（商品名:ヒビテン・マスキンなど）
界面活性剤
塩化ベンザルコニウム（商品名:オスバン・逆性石鹸など）
塩化ベンゼトニウム（商品名:ハイアミンなど）
塩素化合物
塩素ガス
クロールカルキ（さらし粉）
次亜塩素酸ナトリウム（一般にプールに使用）
塩素化イソシアヌール酸（商品名:クロラミン・ハイクレーンなど）
ヨウ素類
ヨードチンキ
ルゴール液
ヨードホルム（ヨードホルムガーゼとして使用される）
ヨードホール（ヨウ素をキャリアと結合させて保持し、徐々にヨウ素を遊離させる製剤の総称。ポビドンヨード、ポロクサマー・ヨード、ヨウ素・カデキソマーなど）