浦上四番崩れ（うらかみ よんばんくずれ）は、長崎県で江戸時代末期から明治時代初期にかけて起きた大規模なキリスト教信徒への弾圧事件をいう。1867年、隠れキリシタンとして信仰を守り続け、キリスト教信仰を表明した浦上村の村民たちが江戸幕府の指令により、大量に捕縛されて拷問を受けた。江戸幕府のキリスト教禁止政策をひきついだ明治政府の手によって村民たちは流罪とされたが、このことは諸外国の激しい非難を受けた。欧米へ赴いた遣欧使節団一行がキリシタン弾圧が条約改正の障害となっていることに驚き、本国に打電したことから、1873年（明治6年）にキリシタン禁制は廃止され、1614年以来259年ぶりに日本でキリスト教信仰が公認されることになった。
ちなみに浦上四番崩れというのは浦上地区で起こった隠れキリシタンへの四度目の弾圧という意味であり、「浦上一番崩れ」は1790年（寛永2年）から起こった信徒の取調べ事件、「浦上二番崩れ」は1839年（天保10年）にキリシタンの存在が密告され、捕縛された事件、「浦上三番崩れ」は1856年（安政3年）に密告によって信徒の主だったものたちが捕らえられ、拷問を受けた事件のことである。このほかにも「天草崩れ」「大村崩れ」など江戸時代中期にいたっても各地でキリシタンが発見され、処刑される事件が起こっている。
またそれまでのキリスト教徒迫害が主として仏教徒によるものであったが、この事件は神道信者による迫害である。ゆえにこの事件は戦前日本における神道と他宗教との対立と軋轢の始まりでもある。
江戸幕府はキリスト教禁止を国策とし、全国でキリスト教宣教師・信徒を徹底的に捕縛、仏教へ強制改宗させ、改宗しないものは処刑する政策をとった。もともと長崎はカトリック教会とゆかりがあり、信徒たちが多く暮らしていたが、禁教令をうけた信徒たちは隠れキリシタンとしてひそかに信仰を守り、次代へ受け継いでいくことになった。そんな長崎の隠れキリシタンたちの間には、徳川時代の初期に幕府に捕らえられて殉教したバスチャンなる伝道士の予言が伝えられていた。それは「七代耐え忍べば、再びローマからパードレ（司祭）がやってくる」というものであった。
1864年（元治元年）、日仏修好通商条約に基づき、居留するフランス人のため長崎の南山手居留地内にカトリック教会の大浦天主堂が建てられた。主任司祭であったパリ外国宣教会のベルナール・プティジャン神父は信徒が隠れているのではないかという密かな期待を抱いていた。そこへ1865年（慶応元年）3月17日、浦上村の住民数名が訪れた。その中の一人イザベリナと呼ばれたゆり（後に杉本姓）という当時52歳の女性がプティジャン神父に近づき、「ワレラノムネアナタノムネトオナジ」（私たちはキリスト教を信じています）とささやいた。神父は驚愕した。これが世にいう「長崎の信徒の発見」である。彼らは聖母マリアの像を見て喜び、祈りをささげた。神父は彼らが口伝で伝えた典礼暦を元に「カナシミセツ」（四旬節）を守っていることを聞いて再び驚いた。以後、浦上のみならず、外海、五島、天草、筑後今村などに住む信徒たちの指導者が続々と神父の元を訪れて指導を願った。神父はひそかに彼らを指導し、彼らは村に帰って神父の教えを広めた。
しかし、二年後の1867年、浦上村の信徒たちが仏式の葬儀を拒否したことで信徒の存在が明るみに出た。この件は庄屋によって長崎奉行に届けられた。信徒代表として奉行所に呼び出された高木仙右衛門らははっきりとキリスト教信仰を表明したが、逆に戸惑った長崎奉行はいったん彼らを村に返した。その後、長崎奉行の報告を受けた幕府は密偵に命じて浦上の信徒組織を調査し、1867年7月14日（慶応3年6月13日）の深夜、秘密の教会堂を幕吏が急襲したのを皮切りに、高木仙右衛門ら信徒ら68人が一斉に捕縛された。捕縛された信徒たちは激しい拷問を受けた。
翌日、事件を聞いたプロシア公使とフランス領事、さらにポルトガル公使、アメリカ公使も長崎奉行に対し、人道に外れる行いであると即座に抗議を行った。8月24日には正式な抗議を申し入れたフランス公使レオン・ロッシュと将軍徳川慶喜が大阪城で面会し、事件についての話し合いが行われた。
江戸幕府が瓦解すると、1868年3月7日（慶応4年2月14日）、参与であった沢宣嘉が長崎裁判所総督兼任を命じられ、外国事務係となった井上馨と共に長崎に着任した。慶応4年3月15日に示された「五榜の掲示」の第三条で再びキリスト教の禁止が確認されると、沢と井上は問題となっていた浦上の信徒たちを呼び出して説得したが、彼らには改宗の意思がないことがわかった。沢と井上から「中心人物の処刑と一般信徒の流罪」という厳罰の提案を受けた政府では4月25日（5月17日）に大阪で御前会議を開いてこれを討議、諸外国公使からの抗議が行われている現状を考慮して「信徒の流罪」が決定した。この決定に対し、翌日の外国公使との交渉の席でさらに激しい抗議が行われ、英国公使パークスらと大隈重信ら政府代表者たちは六時間にもわたって浦上の信徒問題を議論することになった。（『隈公閑話』）
1868年6月7日（慶応4年閏4月17日）、太政官達が示され、捕縛された信徒の流罪が示された。5月20日、木戸孝允が長崎を訪れて処分を協議し、信徒の中心人物114名を津和野、萩、福山へ移送することを決定した。以降、1870年（明治3年）まで続々と長崎の信徒たちは捕縛されて流罪に処された。彼らは流刑先で数多くの拷問・私刑を加えられ続けたが、それは水責め、雪責め、氷責め、火責め、飢餓拷問、箱詰め、磔、親の前でその子供を拷問するなどその過酷さと陰惨さ・残虐さは旧幕時代以上であった。
各国公使は、事の次第を本国に告げ、日本政府に繰り返し抗議を行なった。さらに翌年、岩倉具視以下岩倉使節団一行が、訪問先のアメリカ大統領ユリシーズ・S・グラント、英女王ビクトリア、デンマーク王クリスチャン9世らに、禁教政策を激しく非難され、明治政府のキリスト教弾圧が不平等条約改正の最大のネックであることを思い知らされることになった。欧米各国では新聞がこぞってこの悪辣な暴挙を非難し世論も硬化していたため、当時の駐米少弁務使森有礼は『日本宗教自由論』をあらわして禁教政策の継続の難しさを訴え、西本願寺僧侶島地黙雷らもこれにならった。しかしかつて尊皇攘夷運動の活動家であった政府内の保守派は「神道が国教である（神道国教化）以上、異国の宗教を排除するのは当然である」、「キリスト教を解禁しても直ちに欧米が条約改正には応じるとは思えない」とキリスト教への反発を隠さず禁教令撤廃に強硬に反対し、また長年キリスト教を『邪宗門』と信じてきた一般民衆の間にもキリスト教への恐怖から解禁に反対する声も上がったため、日本政府は一切解禁しようとしなかった。