日本のプロテスタント教派一覧（にっぽんのプロテスタントきょうはいちらん）は、日本にあるプロテスタントの教団・教派・宣教団体・単立教会等を系列別に分類して一覧にする。合同によって消滅した団体も含める。
目次
1 教団・教派
1.1 複合
1.2 ルーテル派
1.3 改革派・長老派
1.4 バプテスト派
1.5 会衆派教会
1.6 メソジスト
1.7 ホーリネス
1.8 聖公会系きよめ派
1.9 メノナイト教会
1.10 ブレザレン
1.11 アドベント教会
1.12 ペンテコステ派・聖霊派
1.13 アライアンス
1.14 同盟
1.15 カベナント
1.16 信仰宣教団体（フェイス・ミッション）系
1.17 クエーカー
1.18 ディサイプル派
1.19 合同系・超教派
1.20 無教会
1.21 自由キリスト教
1.22 独立系・その他
2 カリスマ派
2.1 単立教会
3 関連項目
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複合
日本基督教団（様々な会派からなる。）
日本キリスト合同教会
ルーテル派
日本福音ルーテル教会
日本ルーテル教団
西日本福音ルーテル教会
近畿福音ルーテル教会
フェローシップ・ディコンリー福音教団
日本ルーテル同胞教団
ルーテル福音キリスト教会（1963年創立）
ノルウェー・ルーテル伝道会（1949年創立）
改革派・長老派
日本基督公会（横浜公会、1872年3月10日創立。日本で最初のプロテスタント教会）
日本基督一致教会（1875年成立）
日本基督教会（日本基督教団第一部。三派に分裂）
日本基督改革派教会（1946年4月創立,現在は日本キリスト改革派教会）
日本キリスト教会（1951年創立）
日本基督会（1941年創立）
日本キリスト改革派長老教会（1950年創立）
カンバーランド長老キリスト教会（1950年創立）