司令部（しれいぶ）とは、広義の司令官がその職務を行う統帥機構をいう。司令官が総司令官と称する場合は総司令部と、下級部隊のそれは本部ということが通常であるが、本記事では原則として区別することなく広義の司令部について記述する。日本の戦時最高統帥機関たる大本営も司令部の一種と考えられる。また、英語ではheadquartersという。
軍隊が部隊行動する以上は必然的に生じる組織である。通常、陸軍では旅団以上で、海軍では広義の艦隊（隊、群等を含む）で用いられる。海軍で司令官が指揮を執るために座乗している軍艦を旗艦という。
司令部には、副司令官、幕僚長（参謀長）、幕僚（参謀）、副官等の士官スタッフのほか、准士官や下士官兵の補助スタッフが置かれる。また、陸軍の司令部では司令部付隊が置かれることが多い。
陸上自衛隊では、師団、旅団及び集団に「司令部」が置かれ、師団よりも上級の単位である方面隊では、司令部ではなく「方面総監部」という用語が用いられている。もっとも、英訳は司令部と同じheadquartersである。なお、陸上自衛隊では初めて司令官というポストを中央即応集団に置いた。
アメリカ陸軍などでは、司令部の参謀部門を通常4部に分け、第1部は人事を、第2部は情報を、第3部は作戦を、第4部は兵站をそれぞれ担当する。陸上自衛隊でも方面総監部、師団司令部、旅団司令部、中央即応集団司令部[1]、団本部、連隊本部、群本部、大隊本部が同様の構成となっている。方面総監部から旅団司令部まで第○部といい、団本部から群本部まで第○科といい、大隊本部では第○係という。
旧日本海軍では艦隊の長を司令長官、戦隊、根拠地隊の長を司令官、その下の部隊（駆逐隊、潜水隊、航空隊、掃海隊等）の長を司令といった。
目次
1 陸上自衛隊の師団の司令部等の構成
2 GHQ/SCAP
3 脚注
4 関連項目
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厳密には付隊は司令部の一部ではない。師団より上級又は下級の部隊の司令部は、師団のそれをより拡充させ又は簡略化させた機構となっている。
副師団長（陸将補。師団の隊務につき師団長を助け、師団長に事故があるとき、又は師団長が欠けたときは、師団長の職務を行う。）
幕僚長（1等陸佐。師団長を補佐し、師団司令部の部内の事務を整理する。師団長の命を受け、部長、課長、医務官、監察官及び法務官の職務を統制する。予算の統制、隊務の能率的運営その他師団長から命ぜられた事務を行う。）
幕僚幹事（幕僚長の行う事務について補佐し、かつ、幕僚長の命を受け、事務管理の改善、報告統制その他幕僚長から命ぜられた事務を行う。）
第1部長（人事担当）
第2部長（情報担当）
第3部長（作戦担当）
第4部長（兵站担当）
総務課長（総務及び広報を担当）
広報室長（総務課に広報渉外班を置く師団についてはなし。）
会計課長
施設課長（施設大隊長兼任が通常）
通信課長（通信大隊長兼任が通常）
医務官（師団長の命を受け、保健衛生に関する事務を行う。後方支援連隊衛生隊長よりも先任の医官が命じられることが通常。）
監察官（師団長の命を受け、部隊の監察に関する事務を行う。）
法務官（師団長の命を受け、懲戒に関する法令の適用の指導に関する事務、訴訟に関する事務並びに法令の調査及び研究に関する事務を行う。）
副官（師団長又は副師団長の庶務をつかさどる。）
司令部付隊[2]
車両小隊
管理小隊
司令部勤務班
日本ではGHQ（General Headquarters、総司令部）といえば、1945年（昭和20年）-1952年（昭和27年）の間置かれていた連合国軍最高司令官総司令部と呼称する固有名詞として用いることも多い。日本以外においてはGHQ/SCAP（General Headquarters/ Supreme Commander for the Allied Powers、総司令部／連合国軍最高司令官）と呼ぶことが通常である。
GHQ/SCAPも一般の司令部同様に次のような機構になっていた。もっとも、行政指導能力を拡充させるために幕僚部の構成が充実しているのが特徴である。
参謀部
第1部（G1 人事担当）
第2部（G2 情報担当）
第3部（G3 作戦担当）
第4部（G4 後方担当）
幕僚部
民政局（GS:Government Section）
経済科学局（ESS:Economic & Scientific Section）
民間情報教育局（CIES:Civil Information & Educational Section）
天然資源局（NRS:Natural Resources Section）
副官部
[ヘルプ]
^ 但し、中央即応集団司令部においては、第1部等の名称ではなく、人事部等の具体的な所掌を表す名称が用いられている。
^ それまで司令部付隊に置かれていた「保安警務隊」（警務科部隊）は、平成19年度部隊改編により編成替えになった（詳細は警務科参照）。