ペプチド結合（?けつごう）とは、アミド結合のうちアミノ酸同士が脱水縮合して形成される結合である。
このようにして生成する物質はペプチドであり、その縮合しているアミノ酸の数が2つ、3つ、4つ、5つ……となるごとにジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド、ペンタペプチド……という。多数のアミノ酸が縮合した高分子物質はタンパク質であり、このため、タンパク質をポリペプチドとも呼ぶ。
アミド結合は強固な結合であり、加水分解は強酸性や強アルカリ性の条件でしか起こらない。しかし生体内にはペプチド結合のみを選択的に加水分解する酵素ペプチダーゼ、プロテアーゼが存在し、これらの中には中性に近い生物の体温程度の温度でかなり迅速にペプチド結合を加水分解することができるものもある。
関連項目
ペプチド固相合成法
表・話・編・歴タンパク質の一次構造と翻訳後修飾
全般タンパク質生合成 - ペプチド結合 - タンパク質分解 - ラセミ化反応
N末端アセチル化反応 - ホルミル化反応 - ミリストイル化反応 - ピログルタミン酸 - メチル化反応 - 糖化反応
C末端アミド化反応 - GPIアンカー - ユビキチン化反応 - SUMO化反応
リシンメチル化反応 - アセチル化反応 - アシル化反応 - ヒドロキシル化反応 - ユビキチン化反応 - SUMO化反応 - デスモシン - ADPリボース化反応 - 脱アミノ反応（酸化的脱アミノ反応）
システインジスルフィド結合 - プレニル化反応 - パルミトイル化反応
セリン/トレオニンリン酸化反応 - グリコシル化反応
チロシンリン酸化反応 - チロシン硫酸化反応 - ポルフィリン環結合 - リボフラビン結合
アスパラギン脱アミド反応 - グリコシル化反応
アスパラギン酸スクシンイミド形成 - リン酸化反応
グルタミンアミノ基転移
グルタミン酸カルボキシル化反応 - ポリグルタミル化反応 - ポリグリシル化反応
アルギニンシトルリン化反応 - メチル化反応
プロリンヒドロキシル化反応
←アミノ酸二次構造→
σ結合三中心二電子結合（屈曲結合） - 三中心四電子結合（水素結合 - 二水素結合 - アゴスティック相互作用） - 四中心二電子結合
π結合逆供与 - 共役系 - 超共役 - 芳香族化合物 - 金属芳香族化合物
δ結合四重結合 - 五重結合 - 六重結合
配位結合 - ハプト数
イオン結合カチオン-π相互作用 - 塩橋
金属結合-
水素結合二水素結合 - 二水素錯体 - 低障壁分子内水素結合 - 対称的水素結合 - 親水性
他の非共有結合ファンデルワールス力 - 機械的結合 - ハロゲン結合 - 金相互作用 - インターカレーション - π-π相互作用 - エントロピー的な力 - 極性分子