ウイルスの分類は、生物の分類と同様に常に議論が続けられていくものである。これまでに宿主や症状、伝染方法、ウイルス粒子の形状などを基準に分類されてきたが、今日ではウイルスに含まれる核酸の型と、その発現形式に重点を置く分類が広く用いられるようになっている。これはウイルスによる逆転写を発見した功績でノーベル賞を受賞したデビッド・ボルティモア(1938 - ) によって提案され、現在では国際ウイルス分類委員会の定める分類体系の基本骨格となっている。
目次
1 ボルティモア分類
2 分類階級
3 国際ウイルス分類委員会の分類体系
3.1 第1群 (Group I) - 2本鎖DNA
3.2 第2群 (Group II) - 1本鎖DNA
3.3 第3群 (Group III) - 2本鎖RNA
3.4 第4群 (Group IV) - 1本鎖RNA +鎖（mRNAとして作用）
3.5 第5群 (Group V) - 1本鎖RNA -鎖
3.6 第6群 (Group VI) - 1本鎖RNA +鎖
3.7 第7群 (Group VII) - 2本鎖DNA
4 外部リンク
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通常の細胞性の生物は2本鎖DNAに遺伝情報を保存しているが、2本のうちの1本は冗長である。ウイルスの場合にはゲノムは1本鎖であったり2本鎖であったりする。またDNAではなくRNAを用いている場合もある。1本鎖RNAを用いる場合には、さらに+鎖（mRNAと同様に遺伝子が5'→3'方向に読み取られる）を用いる場合と、-鎖（遺伝子が相補鎖を使って3'→5'方向に読み取られる）を用いる場合がある。ボルティモア分類とは、こうしたゲノムの種類と発現様式によってウイルスを以下の7群に分類するものである。
2本鎖DNA
1本鎖DNA
2本鎖RNA
1本鎖RNA +鎖
1本鎖RNA -鎖
1本鎖RNA逆転写
2本鎖DNA逆転写
国際ウイルス分類委員会による分類体系では、まずボルティモアによる7群に分けた上で、その中を通常の生物のものと似た分類階級を用いて階層的に分類している。またウイロイドなどについても同様の階層分類を行っている。ウイルスの分類階級は以下の5つのみで、それぞれの学名は括弧内に示す統一語尾を与えられる。生物種の学名とは異なり、ウイルス種の学名は属名を含む必要がなく、単語数にも制約がない。目 (order; -virales)科 (family; -viridae)亜科 (subfamily; -virinae)属 (genus; -virus)種 (species)
ただし目が使われるようになったのはごく最近のことである。国際ウイルス分類委員会の報告書第8版（2005年）には、73科約2000種が知られているが、今のところ10科が3目に所属しているだけで、それ以外のほとんどの科は目に所属していない。
国際ウイルス分類委員会の報告書第8版（2005年）の体系を示す。第1群と第2群はDNAウイルスとして考えられており、その他はすべてRNAウイルスである。
第1群 (Group I) - 2本鎖DNA
Caudovirales目 (Caudovirale)
マイオウイルス科 (Myoviridae)
サイフォウイルス科 (Siphovirida)
Rhamda様ウイルス属(Rhamda-like viruses)
T1様ウイルス属(T1-like viruses)
T5様ウイルス属(T5-like viruses)
L5様ウイルス属(L5-like viruses)
c2様ウイルス属(c2-like viruses)
PsiM1様ウイルス属(PsiM1-like viruses)
ポドウイルス科 (Podoviridae)
T７様ウイルス
腸内細菌ファージT７ (Enterobacteria pgage T7)
腸内細菌ファージT3 (Enterobacteria pgage T3)
P22様ウイルス
腸内細菌ファージP22 (Enterobacteria pgage P22)
φ29様ウイルス
枯草菌ファージφ29 (Bacillus phage φ29)
枯草菌ファージNf (Bacillus phage Nf)
枯草菌ファージM2 (Bacillus phage M2)
目未帰属
アデノウイルス科 (Adenoviridae) - 呼吸器疾患、ある動物では腫瘍を引き起こすものがある.
ヘルペスウイルス科 (Herpesviridae)
アルファヘルペスウイルス亜科 (Alphaherpesviridae)
シンプレックスウイルス属 (Simplexvirus)
単純ヘルペスウイルス1型 (Herpes simplex I) (口辺ヘルペス)
単純ヘルペスウイルス2型 (Herpes simplex II) (性器ヘルペス)
ワリセロウイルス属（Varicellovirus）
水痘帯状疱疹ウイルス (Varicella-zoster virus) (水痘、帯状疱疹)
ベータヘルペスウイルス亜科 (Betaherpesviridae)
サイトメガロウイルス属 (cytomegalovirus)
ガンマヘルペスウイルス亜科 (Gammaherpesviridae)
リンホクリプトウイルス属 (lymphocryptovirus)
エプスタイン・バール・ウイルス (Epstein-Barr virus) (伝染性単核球症(バーキットリンパ腫))